複数の招待状を作成して、ゲスト管理は別々にできますか？

はい、できます。2つ目以降の招待状作成時において、「招待状を追加する」後に出てくる「ゲスト情報をまとめる」の「新たにゲスト情報を管理」にチェックを入れてください。